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Estes dois vírus ameaçadores têm várias coisas em comum que tornam a sua presença no corpo ao mesmo tempo (comumente chamado de "co-infecção") muito provável. O seu modo de transmissão, ou seja, a forma como eles são transmitidos, através do contato do sangue de uma pessoa saudável com a do sangue contaminado é a mesma para ambos os vírus Hep C e o vírus HIV.
De acordo com o CDC, a incidência de co-infecção é relativamente alta. Nos EUA, cerca de 1 em cada 4 pessoas infectadas com o vírus do HIV também está infectado com o vírus da Hepatite C, e os números aumentam dramaticamente se a pessoa infectada esta envolvida com drogas ilícitas injetáveis.
A coexistência do vírus do HIV e da Hepatite C numa pessoa torna o tratamento de ambos os vírus muito mais difícil, uma vez que o vírus do HIV afeta seriamente a capacidade do sistema imunológico do corpo para se defender contra qualquer infecção, especialmente a co-infecção com o vírus da hepatite C.
Embora hoje em dia seja possível tratar as duas doenças, a dificuldade do tratamento aumenta e a possibilidade de efeitos colaterais mais graves aumentam também.